Прошло два года с тех пор, как Ёродзуя разошлись по разным дорогам. Гинтоки отправился исследовать загадочную Альту, надеясь найти ответы на вопросы, которые давно его мучили. Кагура, не теряя надежды, путешествует по просторам космоса, чтобы вернуть Садахару его прежний облик. Шинпачи же остался в Эдо, пытаясь сохранить то, что осталось от их общего дома, который когда-то был полон смеха и тепла. Каждый из них идёт своим путём, но их сердца по-прежнему связаны невидимыми нитями.
Однако спокойствие длится недолго. Остатки Тендошу, воспользовавшись хаосом, вызванным неожиданной атакой Гориллы, собираются вновь захватить Альту и использовать её силу в своих целях. Их планы угрожают не только Эдо, но и всему миру. В этот раз опасность настолько велика, что даже те, кто давно отошёл от дел, вынуждены вернуться к активным действиям. Старые враги и новые угрозы снова ставят под удар всё, что дорого нашим героям.
Настал момент, когда Ёродзуя должны объединиться в последний раз, чтобы защитить Эдо и исполнить заветное желание Шоё Йошиды. Их пути снова пересекаются, и каждый из них понимает, что только вместе они смогут противостоять надвигающейся тьме. В этой битве решается не только судьба города, но и их собственное будущее. Смогут ли они сохранить то, что так дорого, или на этот раз всё будет потеряно навсегда?