Спустя двадцать тысяч лет космических скитаний Харуо возвращается на Землю, но вместо привычной планеты он обнаруживает мир, полностью изменившийся под властью Годзиллы. Гигантский монстр высотой в триста метров стал настоящим хозяином Земли, превратив её в планету, где флора и фауна подчиняются его воле. Человечество, некогда процветающее, теперь находится на грани исчезновения, вынужденное бороться за каждый шанс на выживание. Харуо, одержимый идеей победить Годзиллу и вернуть Землю людям, сталкивается с новой реальностью, где каждый шаг может стать последним.
На своём пути Харуо встречает племя Хутуа, потомков коренных народов, которые сумели адаптироваться к жизни в этом опасном мире. Сёстры-близнецы Маина и Миана становятся его проводниками, открывая тайну древнего оружия — Меха-Годзиллы. Это не просто машина, а самогенерирующийся нанометалл, который за тысячелетия превратился в целый город, способный противостоять монстру. Харуо понимает, что это единственный шанс для человечества, но чтобы использовать его, ему предстоит разгадать тайны древних технологий и объединить силы с теми, кто выжил в этом новом мире.
Город Меха-Годзиллы становится последней надеждой для Харуо и его союзников. Этот гигантский механизм, созданный нанометаллом, обладает невероятной мощью, способной уничтожить Годзиллу. Однако путь к победе полон опасностей: монстр не собирается сдаваться, а сам город таит в себе множество загадок. Харуо предстоит не только сразиться с Годзиллой, но и доказать, что человечество достойно вернуть свою планету. В этой битве решается не просто судьба Земли, но и будущее всего человечества.