Человечество оказалось на грани исчезновения из-за нашествия загадочной инопланетной расы, известной как Гауна. Выжившие люди были вынуждены покинуть Землю и отправиться в бескрайний космос на огромных кораблях, таких как «Сидония». Эти гигантские суда стали их новым домом, а также последним оплотом надежды на выживание. Однако угроза со стороны Гауна никуда не исчезла, и ученые разработали уникальные технологии для борьбы с врагом. Военные, в свою очередь, освоили эти разработки, чтобы защитить оставшихся людей.
Главный герой, Нагатэ Таникадзэ, провел большую часть своей жизни в изоляции, скрываясь на нижних уровнях корабля. Его единственным спутником был Хироки Сайто, которого он называл дедом. После смерти своего опекуна и из-за нехватки ресурсов Нагатэ был вынужден покинуть свое убежище. Несмотря на отсутствие опыта общения с другими людьми, он обладает уникальными навыками пилотирования, которые он приобрел, тренируясь на старом симуляторе. Эти способности могут стать ключом к спасению «Сидонии» и всех ее обитателей.
Сюжет разворачивается в условиях постоянной угрозы со стороны Гауна, и каждый день становится испытанием для выживших. Нагатэ, оказавшись в центре событий, должен не только адаптироваться к новой жизни, но и доказать свою ценность в борьбе с врагом. Его история — это история о преодолении страха, поиске своего места в мире и борьбе за будущее человечества. Фильм представляет собой сокращенную версию популярного телесериала, сохраняя при этом его ключевые моменты и атмосферу.
