Десять лет назад деревня Коноха оказалась на грани уничтожения из-за атаки могущественного демона — Девятихвостого Лиса. Чтобы спасти родное поселение, Минато Намиказэ и его жена Кушина Узумаки пожертвовали своими жизнями, запечатав демона в своём новорождённом сыне Наруто. Однако цена победы была высока: многие ниндзя погибли, а сам Наруто стал изгоем, вынужденным бороться с проклятием, которое ему досталось в наследство.
Спустя годы Наруто, повзрослев и обретя друзей, смог обуздать силу демона внутри себя. Но спокойствие длилось недолго. На Коноху нападает таинственная организация Акацуки, среди членов которой оказываются те, кто, казалось бы, давно погиб. В ходе ожесточённой битвы Наруто и его товарищам удаётся отразить атаку, но в самый неожиданный момент Тоби использует загадочную технику, которая переносит Наруто и Сакуру в параллельный мир.
Очнувшись, герои обнаруживают себя в Конохе, которая одновременно знакома и чужа. Здесь живы родители Наруто, но погибли родители Сакуры. Клан Учиха не уничтожен, а Саскэ живёт в деревне как её защитник. Наруто оказывается перед сложным выбором: остаться в этом мире, где у него есть семья, или вернуться в свой, где его ждут друзья и долг. Что он выберет и как это повлияет на судьбу обоих миров?