Действие аниме переносит зрителя в январь 2118 года, где Аканэ Цунэмори, главный инспектор Бюро общественной безопасности, сталкивается с загадочным инцидентом на иностранном судне. Вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения, она спешит на место происшествия. Однако расследование внезапно передается Исполнительному отделу Министерства иностранных дел, что вызывает множество вопросов. На борту корабля обнаруживают тело доктора Милиции Стронской, приглашенной Ацуси для важной встречи. Ее смерть становится отправной точкой для раскрытия более масштабного заговора.
За инцидентом стоит организация "Нарушители мира", за которой давно охотится Исполнительный отдел. Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что целью "Нарушителей" было исследование доктора Стронской, известное как "Документ Стронской". Для расследования создается совместная команда с Департаментом поведенческих расследований. В ходе работы они сталкиваются с Шинью Когами, бывшим беглецом из Бюро общественной безопасности, и Дзёдзи Сайгой, последним, кто общался с доктором Стронской. Вместе они отправляются в Дэдзиму, чтобы найти документ, который может изменить всё.
Аканэ и Когами оказываются в центре событий, связанных с "Документом Стронской", который скрывает правду, способную потрясти японское правительство и систему "Сибилла". Это история, которая связывает события между "Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3". Зрителей ждут неожиданные повороты, глубокие философские вопросы и напряженная борьба за истину, которая может изменить будущее всего общества.
